Суб’єкт господарювання самостійно приймає рішення щодо електронного засобу ідентифікації, який він буде застосовувати в ПРРО – удосконалений/кваліфікований електронний підпис або удосконалена/кваліфікована електронна печатка.
В залежності від обраного засобу суб’єкт господарювання надсилає до ДПС повідомлення про надання інформації щодо кваліфікованих/удосконалених сертифікатів відкритих ключів, які застосовуються в ПРРО за формою № 5-ПРРО (J/F1391802), у тому числі щодо особи, якій надані повноваження проводити розрахункові операції.
Дані сертифікатів електронних підписів та/або печаток, що використовуються ПРРО, вносяться до Реєстру ПРРО.